香港國際機場是全球最繁忙的機場之一。二零二一年，使用機場出入境的旅客為68萬人次。

機場管制科已提升服務承諾，讓98%的香港居民及95%的訪客在15分鐘的等候時間內完成出入境檢查手續。二零二一年，機場管制站的所有香港居民及訪客均能於15分鐘的等候時間內辦妥出入境檢查手續。

機場管制科為防止不受歡迎人士入境及遏止非法移居活動，不時在機場出入境大堂、過境候機室、轉機區和登機閘口進行突擊檢查。

為向離境的訪港旅客提供更便捷的服務，本處於二零一七年十月十日在香港國際機場推出訪港旅客自助離境服務「離境易」，並於同年十二月十八日把該服務擴展至其他管制站。這項服務採用容貌識別技術核實訪港旅客的身份，讓合資格並持有電子旅行證件的訪港旅客經「離境易」e-道辦理自助離境手續，無須預先登記。

因應商用航空服務所需，香港國際機場的商用航空中心按用者自付原則為乘搭私人飛機或包機的旅客提供方便的服務，而商務旅客最為受惠於這項出入境檢查服務。二零二一年，共有1 700班航機及7 100名旅客及機員使用該中心。

位於香港國際機場旁的海天客運碼頭為往來機場與珠江三角洲九個口岸，包括廣州南沙及蓮花山、深圳蛇口及褔永、東莞虎門、中山、珠海九洲、澳門外港客運碼頭及氹仔的旅客提供過境旅客服務。使用海天客運碼頭的過境旅客無須辦理出入境及海關檢查手續便可直接在香港國際機場過境。現時共有76間航空公司在海天客運碼頭提供辦理登機服務。二零二一年，共錄得超過10萬名抵港及56名離港的過境旅客使用海天客運碼頭。

為進一步提升服務，南沙、蓮花山、蛇口、褔永、虎門、中山、九洲、澳門外港客運碼頭及氹仔均設有一站式跨境預辦登機服務。在這些口岸乘搭海天碼頭渡輪前往香港國際機場轉乘飛機的旅客，可在碼頭即時領取登機證及托運行李，然後乘船抵達香港國際機場直接登機。現時有45間航空公司提供這項服務。

18歲或以上的旅客，如持有有效的香港特別行政區旅遊通行證或註有「HKG」區碼的亞太經合組織商務旅遊證，在本處辦妥登記後，便可於香港國際機場享用自助出入境檢查服務。此項服務已推廣至參加這項安排的航空公司的飛行常客會特選會員和符合以下條件的訪客：（一）持有無須入境簽證／進入許可來港的有效旅行證件；（二）在登記前12個月內經香港國際機場訪港三次或以上；以及（三）在香港並無不良紀錄。

本處與韓國、新加坡、德國、澳洲和泰國推行互相使用對方自助出入境檢查服務的安排。在相關安排下的合資格訪港旅客可於入境事務大樓、機場或港澳客輪碼頭管制站登記使用香港的e-道服務。

截至二零二一年十二月三十一日，已經在機場管制站登記的經常訪港旅客達到34萬人，曾經使用自助出入境檢查服務的抵港訪客超過582萬人次，而離港訪客則超過916萬人次。

香港國際機場共設有61條多功能e-道，26條設於入境大堂，35條設於離境大堂。

羅湖管制站是全港最繁忙、出入境旅客流量最高的陸路邊境管制站。為應對2019冠狀病毒病疫情，香港特別行政區(香港特區)政府自二零二零年二月四日起暫停羅湖管制站的客運通關服務。 為方便身處內地的選民在二零二一年十二月十九日返港為2021年立法會換屆選舉投票，羅湖管制站於投票日當日獲指定為「管制站投票站」。當日，經羅湖管制站出入境的旅客約有10 000人次。

羅湖管制站在二零二零年二月四日暫停客運通關服務前，每日平均旅客流量為16萬人次。在周末或節日期間，每日的旅客人數更經常超過20萬人次。為了應付節日期間龐大的旅客流量，本處須從其他組別抽調額外人手到羅湖管制站增援。

羅湖管制站共設有六條「學童e-道」，以加快處理跨境學童的出入境手續。此外，管制站共設有181條多功能e-道，96條設於入境大堂，85條設於離境大堂。

紅磡管制站為乘搭直通火車往返內地的旅客辦理出入境手續。往返內地的直通火車每日有20班，服務範圍包括廣東省的廣州和常平，更遠達上海及北京。為應對2019冠狀病毒病疫情，香港特區政府自二零二零年一月三十日起暫停紅磡管制站的客運通關服務。

紅磡管制站共設有17條多功能e-道，九條設於入境大堂，八條設於離境大堂。

落馬洲支線管制站坐落於港鐵東鐵線的落馬洲總站，是另一個連接鐵路的陸路管制站。車站旁設有公共運輸交匯處，方便跨境旅客轉乘專利巴士、專線小巴或的士。管制站與深圳福田口岸由一條雙層跨境行人天橋連接。

為應對2019冠狀病毒病疫情，香港特區政府自二零二零年二月四日起暫停落馬洲支線管制站的客運通關服務。 為方便身處內地的選民在二零二一年十二月十九日返港為2021年立法會換屆選舉投票，落馬洲支線管制站於投票日當日獲指定為「管制站投票站」。當日，經落馬洲支線管制站出入境的旅客約有14 000人次。

落馬洲支線管制站共設有六條「學童e-道」，以加快處理跨境學童的出入境手續。該管制站共設有106條多功能e-道，50條設於入境大堂，56條設於離境大堂。

高鐵西九龍管制站於二零一八年九月二十三日正式啟用。該管制站採用「一地兩檢」通關模式運作，跨境旅客可在該管制站內同時辦理香港及內地的出入境手續。

高鐵西九龍管制站共設有51條多功能e-道。

為應對2019冠狀病毒病疫情，香港特區政府自二零二零年一月三十日起暫停高鐵西九龍管制站的客運通關服務。

高鐵西九龍管制站共設有51條多功能e-道，22條設於入境大堂，29條設於離境大堂。

為應對2019冠狀病毒病疫情，香港特區政府自二零二零年二月四日起暫停落馬洲管制站的客運通關服務。二零二一年，經落馬洲管制站出入境的車輛共有186萬架次，較二零二零年下跌46.1%。

落馬洲管制站共設有39條多功能e-道，16條設於入境大堂，23條設於離境大堂。

文錦渡管制站為跨境車輛及旅客提供出入境檢查服務。為應對2019冠狀病毒病疫情，香港特區政府自二零二零年一月三十日起暫停文錦渡管制站的客運通關服務。二零二一年，經文錦渡管制站出入境的車輛共有81萬架次，較二零二零年下跌28.9%。

文錦渡管制站共設有18條多功能e-道，九條設於入境大堂，九條設於離境大堂。

沙頭角管制站為跨境車輛及旅客提供出入境檢查服務。旅客主要乘坐跨境旅遊巴士、出租汽車或私家車穿梭內地與香港。 為應對2019冠狀病毒病疫情，香港特區政府自二零二零年一月三十日起暫停沙頭角管制站的客運通關服務。二零二一年，經沙頭角管制站出入境的車輛共有25萬架次，較二零二零年下跌22.4%。

沙頭角管制站共設有十條多功能e-道，五條設於入境大堂，五條設於離境大堂。

深圳灣管制站是首個採用「一地兩檢」通關模式運作的邊境管制站，為往來內地與香港的旅客和車輛提供出入境檢查服務。

在此運作模式下，乘坐跨境巴士的旅客只需上落車輛一次，便可在同一旅檢大樓內辦理香港及深圳兩地的出境及入境檢查手續，大大節省過關時間。此外，每個車輛檢查亭內的入境處與海關工作室皆為相連間隔，可為跨境車輛提供一站式出入境檢查及清關服務。

為應對2019冠狀病毒病的疫情，香港特區政府自二零二一年四月二十九日起調整深圳灣管制站的客運通關服務時間，直至另行公布。旅檢大樓及私家車的客運通關服務為每日上午十時至晚上十時。

《2019年施政報告》中公布，深圳灣口岸的通關時間將會延長至24小時，以進一步配合深港兩地旅客的過境需求。為進一步支援深港兩地的物流往來，以應付凌晨時分的跨境貨運需求，同時配合「東進東出、西進西出」的布局，深港雙方經商討後，已自二零二零年十二月十日起，把深圳灣管制站的貨物清關服務時間延長至24小時。鑑於2019冠狀病毒病疫情，深港兩地政府會視乎兩地的疫情發展，另行考慮深圳灣管制站何時推行24小時旅客通關服務。

二零二一年，經深圳灣管制站出入境的旅客人數為84萬人次，較二零二零年的370萬人次下跌77.5%，當中訪客錄得9萬人次，較二零二零年下跌92.5%。年內，所有旅客在30分鐘內辦妥出入境檢查手續。

二零二一年，經深圳灣管制站出入境的車輛共有253萬架次，較二零二零年的183萬架次上升38.1%，當中0.2%為私家車，99.7%為貨車，其餘為旅遊巴士。

深圳灣管制站共設有63條多功能e-道，24條設於入境大堂，39條設於離境大堂。

港珠澳大橋管制站於二零一八年十月二十四日正式啟用，是首個連接香港、珠海及澳門的陸路邊境管制站。港珠澳大橋口岸採用「三地三檢」通關模式運作，並由三地政府在各自屬地設立口岸。香港口岸內設有旅檢大樓及車輛檢查亭等設施，分別為跨境旅客及車輛提供出入境檢查服務。

為應對2019冠狀病毒病疫情，香港特區政府自二零二零年四月五日起調整港珠澳大橋管制站的客運通關服務時間，直至另行公布。旅檢大樓（即乘搭過境巴士或穿梭巴士過境）的客運通關服務時間為每日上午十時至晚上八時，私家車的客運通關服務時間為每日上午六時至晚上十時，而貨車的通關服務時間則維持24小時運作。

二零二一年，經港珠澳大橋管制站出入境的旅客人數為12萬人次，較二零二零年的164萬人次下跌92.5%，當中訪客錄得1萬人次，較二零二零年下跌97.4%。年內，所有旅客均能在30分鐘內辦妥出入境檢查手續。

二零二一年，經港珠澳大橋管制站出入境的車輛共有16萬架次，較二零二零年的30萬架次下跌48.4%，當中0.8%為私家車，90.9%貨車，8.3%為穿梭巴士，其餘為旅遊巴士。

港珠澳大橋管制站共設有88條多功能e-道，入境大堂和離境大堂各設有44條。

香園圍邊境管制站是港深邊界第七個陸路口岸，位於文錦渡管制站與沙頭角管制站之間，是可讓「人車直達」的邊境管制站。

蓮塘/香園圍口岸是大灣區強化跨境交通聯繫的一項重點基礎設施。

香園圍邊境管制站旅檢大樓的出境和入境樓層各設有14條多功能e-道和9個傳統櫃枱，為旅客提供出入境檢查服務。旅檢大樓一樓平台亦為出境和入境的載客車輛分別設置四個私家車檢查亭和兩個旅遊巴士檢查亭。另外，出境和入境貨車的清關通道則各設九個檢查亭供跨境司機使用。

香園圍邊境管制站出境和入境樓層各設有14條多功能e-道。

鑑於2019冠狀病毒病疫情，粵港雙方同意於二零二零年八月二十六日先開放貨檢設施供跨境貨車使用。 為方便身處內地的選民在二零二一年十二月十九日返港為2021年立法會換屆選舉投票，香園圍邊境管制站於投票日當日獲指定為「管制站投票站」。 當日，經香園圍邊境管制站出入境的旅客約有10 000人次。

二零二一年，經香園圍邊境管制站出入境的貨車流量為51萬架次，每日平均為1 393架次。

為進一步便利跨境學童往返內地及香港，本處在落馬洲支線、深圳灣、落馬洲、文錦渡、沙頭角及羅湖管制站推行「跨境學童簡易過關程序」。有關服務利用資訊科技，輔以便攜式裝置，進一步簡化學童過關時所需辦理的出入境手續。此外，現於文錦渡、沙頭角和落馬洲管制站提供的學童「免下車過關檢查」服務自二零一九年起進一步擴展至港珠澳大橋管制站，為更多跨境學童提供更便捷及安全的通關服務。因應疫情發展，香港特區政府會適時與內地當局商討跨境學童回港復課的可行性。

港口管制組的其中一項職責，是在兩個指定的入境船隻碇泊處，即東面檢疫及入境船隻碇泊處和西面檢疫及入境船隻碇泊處，為進出香港船隻上的人士辦理出入境檢查手續。二零二一年，港口管制組共為123 395艘進出香港船隻上的人士辦理出入境檢查手續，較二零二零年的156 061艘下跌約20.9%。

疫情下港口管制組及內河碼頭則一直維持服務，為進出香港貨船上的人士辦理出入境檢查手續。

此外，港口管制組亦負責處理船員的遣返、緊急登岸、棄職及偷渡等事宜。為了加強對船隻抵港後的檢查，港口管制組屬下的船隻搜查小組會定期搜查及突擊檢查在香港水域的船隻，確保所有抵港船隻均符合入境規定。

船隻搜查小組由原本四支行動小隊及一支情報及支援小隊擴展成為八支行動小隊及一支情報及支援小隊。行動小隊負責在香港水域搜查及突擊檢查船隻，以便偵查規避出入境檢查、偽造證件、非法入境及逾期逗留等個案，以加強海上出入境管制及打擊非法入境活動。情報及支援小隊則負責收集及分析有關資料和情報。

為了加強對船隻抵港後的檢查，港口管制組屬下的船隻搜查小組搜查和突擊檢查在香港水域的船隻。

為促進貨運及物流業的業務，港口管制科已推行預辦入境檢查（預檢）計劃多年。在這計劃下，事先獲批准的船隻可直接駛往停泊處或碼頭起卸貨物，無須在入境船隻碇泊處等候辦理入境檢查手續。二零二一年，共有14 194艘遠洋船隻及39 157艘內地內河／沿海貨船獲准按預檢計劃進入香港。

這項安排大大節省船隻的經營成本及時間，並有助加強和提升香港作為國際及區域首選運輸和物流樞紐的地位。

港澳客輪碼頭管制組負責為在港澳客輪碼頭乘坐客輪往返香港與澳門或廣東省鄰近口岸的旅客，以及乘坐直升機往返香港與澳門的旅客提供出入境檢查服務。為應對2019冠狀病毒病疫情，香港特區政府自二零二零年二月四日起暫停港澳客輪碼頭的客運通關服務。

港澳客輪碼頭是所有港口管制站中最繁忙的口岸，旅客中大部分是香港居民。在客運通關服務暫停前，碼頭24小時運作，每天約有180班客輪往返香港與澳門或內地。另外，每天亦有約16班直升機提供往返香港與澳門的服務。

港澳客輪碼頭管制站共設有54條多功能e-道，26條設於入境大堂，28條設於離境大堂。

中國客運碼頭管制組負責為在中國客運碼頭乘坐客輪往返香港與內地或澳門的旅客提供出入境檢查服務。為應對2019冠狀病毒病疫情，香港特區政府自二零二零年一月三十日起暫停中國客運碼頭的客運通關服務。

在客運通關服務暫停前，中國客運碼頭每日平均處理79班往返香港與澳門或內地的客輪。

中國客運碼頭管制站共設有28條多功能e-道，11條設於入境大堂，17條設於離境大堂。

中國客運碼頭管制站共設有28條多功能e-道。

屯門客運碼頭管制組轄下的屯門客運碼頭管制分組，負責為在屯門客運碼頭乘坐客輪往返香港與內地或澳門的旅客提供出入境檢查服務。為應對2019冠狀病毒病疫情，香港特區政府自二零二零年一月三十日起暫停屯門客運碼頭的客運通關服務。二零二一年六月八日，碼頭營運商終止租賃協議，並交還屯門客運碼頭予政府，跨境客運渡輪服務因而正式結束。而其內河碼頭管制分組則為內地內河或沿海貨船提供出入境檢查服務。

內河碼頭管制分組負責在入境船隻屯門碇泊處為內地內河及沿海貨船提供24小時出入境檢查服務，以紓緩馬灣海峽的繁忙情況及促進貿易活動。二零二一年，每日平均有29艘內河船在該碇泊處辦理出入境檢查手續。此外，內河碼頭管制分組亦負責處理船員的遣返、緊急登岸、棄職及偷渡等事宜。

啟德郵輪碼頭管制組負責為停泊在啟德郵輪碼頭、海運大廈及其他碇泊處的海外郵輪，以及為以香港為母港的郵輪的旅客和船員提供出入境檢查服務。為應對2019冠狀病毒病疫情，香港特區政府於二零二零年二月五日下午至二零二一年七月二十九日期間暫停啟德郵輪碼頭的客運通關服務。

二零二一年，啟德郵輪碼頭管制組共處理了約235航次的海外及以香港為母港的郵輪，旅客量約為26萬人次。此外，管制站共設有七條多功能e-道。