一月

香港及澳门居民就遗失入境证件办理离境手续的优化安排于二零一六年一月十一日实施。实施优化安排后，两地居民办理报失旅行证件及相关出境手续已进一步简化，处理时间亦已缩短。

自二零一六年一月二十七日起，香港特区护照持有人可免签证前往圣巴泰勒米岛和圣马丁岛（法国海外领地）旅游，在任何180天的期间内最长可逗留90天。

屯门客运码头于二零一六年一月二十八日起恢复往来香港与澳门或内地的跨境客运渡轮服务。为配合有关安排，屯门客运码头管制站自同日起恢复为旅客办理出入境检查服务。

二月

二零一六年二月及五月，分别有两名及一名内地孕妇承认与香港居民假结婚，从而取得「预约分娩服务确认书」在港分娩。个案中共有七名涉案人士被捕，他们均被控串谋欺诈罪名，其中六人更被加控串谋以欺骗手段取得服务的罪名，分别被判监禁10至14个月。

三月

本处于二零一六年三月十五日在入境事务处长官会所举行领事官员酒会，加强彼此的联系。

本处的机场管制科在英国专业航空运输研究机构Skytrax的年度旅客意见调查中，连续两年荣获「Skytrax全球最佳机场出入境服务」大奖。

本处、香港警方和广东省公安边防总队展开一项代号为「峻岭」的联合行动，瓦解了一个专门安排非华裔人士偷渡来港的跨境犯罪集团，在粤港两地共拘捕了114名涉案人士，包括24名集团骨干成员。

四月

由二零一六年四月六日开始，香港特区护照持有人在抵达科摩罗时，可获签发逗留期45天的旅游签证。另外，香港特区护照持有人在抵达毛里塔尼亚的努瓦克肖特国际机场或努瓦迪布陆路边境站时，可获签发旅游签证，逗留期限将于旅客抵达当地时由当地有关机关决定。

自二零一六年四月十一日起，本处于入境事务大楼增设访港旅客e-道登记处，以进一步方便合资格旅客在留港期间登记使用e-道服务。

五月

由本处及警务处人员组成的代表团于二零一六年五月十七日出访越南。是次访问旨在向越南当局反映香港在打击非法劳工及人口贩运方面的严格执法及法例条文，以及介绍实施统一审核机制的相关情况。此外，代表团亦就执法方面的情报搜集和联络事宜与越南当局商讨合作。

《2016年入境（未获授权进境者）（修订）令》（《修订令》）于二零一六年五月二十日生效。《修订令》修订了《入境条例》（香港法例第115章）下有关「未获授权进境者」的定义，除保留越南外，亦加入巴基斯坦、孟加拉、印度、尼泊尔、斯里兰卡、索马里、阿富汗及尼日利亚八个非华裔非法入境者的主要来源国家，使绝大部分非华裔非法入境者成为「未获授权进境者」，藉以加重偷运人蛇的刑罚，大幅提高阻吓作用。

六月

在机场管理局举办的二零一六年香港国际机场优质顾客服务计划中，本处的机场管制科获颁「最佳顾客服务跃进大奖」，而机场管制站有29位前线同事亦同时获颁「企业团队卓越奖」嘉许状。

自二零一六年六月二十日起，香港特区电子护照持有人可无须预先登记，免费使用澳洲的自助出入境检查服务，而澳洲护照持有人亦可免费登记使用香港的e-道服务。

本处于二零一六年六月二十日成立身份证部和遣送审理及诉讼部。身份证部负责开发「新一代智能身份证系统」和推行全港市民换领身份证计划。遣送审理及诉讼部负责审理免遣返声请和处理与免遣返声请及执法有关的上诉╱呈请及诉讼个案，并就全面检讨处理免遣返声请的策略提供支援。

本处、香港警方和广东省公安边防总队展开一项代号为「绝策」的联合行动，瓦解了一个专门安排越南籍人蛇偷渡来港的跨境犯罪集团，中港两地共拘捕了51名涉案人士，包括17名集团骨干成员。

七月

二零一六年七月十三日至三十日，本处与外交部驻香港特别行政区特派员公署在入境事务大楼举行「涉港领事保护图片展」，藉以加深市民对涉港领事保护及「协助在外香港居民小组」工作的了解，从而提升市民出外旅游时的安全意识。

为庆祝部门成立55周年，本处于二零一六年七月三十一日在入境事务学院举行开放日，并于二零一六年八至九月期间在入境事务大楼举行「入境处历史及发展图片展」。

八月

自二零一六年八月二十二日起，香港与韩国简化「互相使用自助出入境检查服务」的登记程序。香港特区电子护照持有人无须预先登记，便可于韩国直接登记使用有关服务，而韩国护照持有人亦无须预先登记，便可于香港直接登记使用香港的e-道服务。

为进一步方便市民，自二零一六年八月二十六日起，市民可透过互联网递交无结婚纪录证明书的申请。

本处、香港警方和广东省公安边防总队展开两项代号分别为「银盾」及「满弓」的联合行动，瓦解了两个活跃于中港两地专门偷运越南籍及南亚裔人蛇来港的犯罪集团，行动中共拘捕了99名涉案人士，包括46名集团骨干成员。

由本处人员组成的代表团于二零一六年八月二十八日出访巴基斯坦及孟加拉两国。是次访问旨在向有关当局介绍香港在打击非法劳工及人口贩运方面的严格法例条文和实施统一审核机制的目的。此外，代表团亦就执法方面的情报搜集和联络事宜与上述两国有关部门商讨合作。

九月

本处于二零一六年九月在全港各区展开一连串代号为「冠军」、「曙光」及「风沙」的反非法劳工行动。本处亦于同年三月、四月及十一月进行类似的反非法劳工行动。行动中共拘捕了334名涉案人士，包括250名非法劳工及57名涉嫌聘用非法劳工的本地雇主。

十月

香港特区政府驻上海经济贸易办事处入境事务组于二零一六年十月二十五日投入运作。其主要职能是为身处上海市以及浙江、江苏、安徽和山东省的遇事港人提供协助。

自二零一六年十月二十八日起，香港特区护照持有人在抵达马达加斯加时，可获签发逗留期不超过90天的旅游签证。

十一月

为提供进一步便利，自二零一六年十一月七日起，身在内地的香港居民可透过驻北京办事处、驻上海经济贸易办事处、驻成都经济贸易办事处及驻粤经济贸易办事处的入境事务组递交换领香港特区护照的申请，并在有关办事处领取新护照。

十二月

本处于二零一六年十二月九日举行结业会操。连同同年四月一日的结业会操，二零一六年共有78位入境事务主任及205位入境事务助理员结业，成为本处的年轻生力军。

自二零一六年十二月十二日起，本处与澳门进一步扩展互相使用自助出入境检查服务至持有《香港特别行政区签证身份书》的香港非永久性居民及持有《澳门居民往来香港特别行政区旅游证》的澳门非永久性居民。两地合资格的人士于登记后，可使用对方的自助出入境检查服务办理出入境手续。

本处于二零一六年十二月宣布自二零一七年一月二十三日起实施「印度国民预办入境登记」措施，印度国民若非获豁免类别人士，必须预先于网上申请并办妥预办入境登记，才可免签证来港旅游。