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管制部
管制部由一位助理處長掌管，轄下設有四個科，分別為機場管制科、邊境管制（鐵路）科、邊境管制（車輛）科及港口管制科。機場管制科和邊境管制（鐵路）科各由一位高級首席入境事務主任領導，而邊境管制（車輛）科和港口管制科則各由一位首席入境事務主任主管。這四個科別共同分擔出入境管制的職責，包括拒絕讓不受歡迎人物入境和防止通緝犯離境，以及為旅客提供方便的出入境服務。
 管制部組織圖出入境管制站
香港入境處在執行出入境管制工作方面，做法有別於某些地方的出入境管制部門，本處需要檢查每一名經海陸空任何一路進出香港的人士。實施有效的出入境管制，對維持法紀及與世界各國和地區保持和睦關係，至為重要。透過執行出入境檢查，不但可阻截通緝犯，亦可防止不受歡迎人物進入香港。除非享有香港居留權或入境權，入境旅客必須符合一般的入境要求，包括持有有效旅行證件、帶備足夠旅費和返回原居地的條件。若旅客未能符合以上條件或其訪港目的有可疑，將被拒入境及遣返。二零一一年，共有23 876名旅客被拒入境。
入境處一直致力在各管制站提供高效率和殷勤有禮的服務，並且不斷制定新措施，方便旅客進出香港。這樣可令遊客甫抵港即感到賓至如歸，亦會對香港留下良好印象，覺得香港人親善有禮。
 入境處致力在各管制站提供快捷有禮的服務。機場管制科
機場管制科負責在香港國際機場執行出入境管制的工作。
旅客流量
香港國際機場是全球最繁忙的機場之一。二零一一年，使用機場出入境的旅客達3 550萬人次。
 二零一一年，機場出入境旅客達3 550萬人次。由二零一零年一月開始，機場管制科進一步提升服務承諾，讓98%的香港居民及95%的訪客在15分鐘的等候時間內完成出入境檢查手續。二零一一年，100%的香港居民及98.1%的訪客都可在機場管制站於15分鐘的等候時間內完成出入境檢查手續。
突擊檢查
機場管制科為防止不受歡迎人士入境及遏止非法移居活動，不時在機場出入境大堂、過境候機室、轉機區和登機閘口進行突擊檢查。二零一一年，共有327人因行使偽造旅行證件及簽證等活動而被調查。
顧客服務
為向旅客提供便捷的服務，機場管制科於二零零六年十一月在機場內的各個出入境大堂設立「專用服務櫃枱」。各個專用服務櫃枱可以作為「禮遇通道」，供外交護照持有人及有需要人士使用。「禮遇通道」亦可用作香港國際機場「訪港常客證通道」，方便曾於過去12個月內經由香港國際機場到訪香港三次或以上並獲香港機場管理局（機管局）簽發訪港常客證的旅客。截至二零一一年十二月三十一日為止，機管局已發出87 020張訪港常客證。
 「禮遇通道」及「訪港常客證通道」讓外交護照持有人、經常訪港的旅客以及其他有需要人士更快捷地辦理出入境手續。商用航空中心
因應商用航空服務所需，香港國際機場的商用航空中心以用者自付的原則，向乘搭私人飛機或包機的旅客提供方便的出入境檢查服務。二零一一年，共有6 505班航機及44 760名旅客及機員使用該中心。
海天客運碼頭
位於香港國際機場旁的海天客運碼頭為往來機場與珠江三角洲八個口岸，包括廣州南沙、深圳蛇口及褔永、東莞虎門、中山、珠海九洲、澳門外港客運碼頭及氹仔的旅客提供過境旅客服務。使用海天客運碼頭的過境旅客無須辦理一般的出入境及海關檢查手續，可以直接在香港國際機場過境。現時共有73間航空公司在海天客運碼頭提供辦理登機服務。二零一一年，共錄得超過166萬名抵港及73萬名離港的過境旅客使用海天客運碼頭。
為進一步提升服務，蛇口、褔永、虎門及澳門外港客運碼頭均設有一站式跨境預辦登機服務。在這些口岸乘搭海天碼頭渡輪前往香港國際機場轉乘飛機的旅客，可在碼頭即時領取登機證及托運行李，然後乘船抵達香港國際機場直接登機。現時有十間航空公司參與提供這項服務。
經常訪港旅客e-道
由二零零八年五月十九日起，18歲或以上的旅客，如持有有效的香港特別行政區旅遊通行證、注有「HKG」區碼的亞太經合組織商務旅遊證或香港國際機場訪港常客證，在香港入境處成功登記後，便可於香港國際機場享用自助出入境檢查服務。現時在香港國際機場設有10條經常訪港旅客e-道，其中6條設於入境大堂，4條設於離境大堂。由二零零九年九月七日起，此項服務已推廣至參加這項安排的航空公司的飛行常客會特選會員。截至二零一一年十二月三十一日，已經登記的經常訪港旅客有67 630人，曾經使用自助出入境檢查服務的抵港旅客有603 308人次，而離港旅客則有532 705人次。
登記處位於香港國際機場的入境大堂，登記手續無需收費。
 合資格的經常訪港旅客，在入境處成功登記後，便可使用自助出入境檢查服務。邊境管制（鐵路）科
邊境管制（鐵路）科轄下設有三個邊境管制站，分別位於羅湖、紅磡和落馬洲支線。羅湖和落馬洲支線管制站負責處理乘搭港鐵的旅客人流，而紅磡管制站則為乘搭直通火車往來內地與香港的旅客提供出入境檢查服務。
羅湖管制站
羅湖管制站是全港最繁忙、出入境旅客流量最高的出入境管制站。二零一一年，經羅湖管制站出入境的旅客達9 300萬人次，較二零一零年增加1.6%，但其中訪港旅客的增幅則超過15%，達2 000萬人次。
 羅湖管制站的「快捷e-道」為已登記的香港居民提供更快捷的e-道服務。此外，每逢節日，羅湖管制站的旅客流量均極高。二零一一年，每日平均旅客流量約為25萬人次。在周末或節日期間，每日的旅客人數更經常超過30萬人次。為了應付節日期間龐大的旅客流量，本處須從其他組別抽調額外人手到羅湖管制站增援。二零一一年，99.7%的旅客可在30分鐘內辦妥出入境檢查手續。
 合資格的內地旅客自二零一一年十二月五日起，可登記使用羅湖管制站的ｅ-道。羅湖管制站共設有六條「學童e-道」，以加快處理跨境學童的出入境手續。此外，為便利經常訪港內地旅客來港，由二零一一年十二月五日起，羅湖及其他特定管制站，包括落馬洲支線、深圳灣、中國客運碼頭、港澳客輪碼頭及機場管制站，均設有經常訪港內地旅客免費登記使用e-道的服務。合資格並已登記的旅客可在二零一二年一月三日起，使用羅湖、落馬洲支線、深圳灣、中國客運碼頭、港澳客輪碼頭及機場管制站所設的訪港旅客e-道，辦理自助出入境檢查手續。
 羅湖管制站為跨境學童設立特定e-道。紅磡管制站
紅磡管制站為乘搭直通火車往返內地的旅客辦理出入境手續。現時每日有26班往返內地的直通火車，服務範圍包括廣東省的東莞、廣州、佛山及肇慶，更遠及上海及北京。二零一一年，經紅磡管制站出入境的旅客人數達390萬人次，較上一年增加16.6%，而99.9%的旅客能在30分鐘內辦妥出入境檢查手續。
落馬洲支線管制站
落馬洲支線管制站坐落於港鐵東鐵線的落馬洲總站，是另一個連接鐵路的陸路管制站。車站旁設有公共運輸交匯處，方便跨境旅客轉乘專利巴士、專線小巴或的士。管制站與福田口岸由一條雙層跨境行人天橋連接。
二零一一年，超過3 410萬人次經落馬洲支線管制站出入境。自管制站投入服務以來，使用率明顯上升，於二零一一年，過關的旅客每日平均有93 633人次，較二零一零年的79 091人次增加18.4%。二零一一年，99.1%的旅客能在30分鐘內辦妥出入境檢查手續。
落馬洲支線管制站於二零零七年八月十五日開始運作，與福田口岸由一條雙層跨境行人天橋連接。
落馬洲支線管制站入境大堂
邊境管制（車輛）科
 設於管制站的車輛e-道能為跨境司機提供方便快捷的出入境檢查服務。邊境管制（車輛）科轄下設有四個邊境管制站，分別位於落馬洲、文錦渡、沙頭角和深圳灣。這四個出入境管制站負責為跨境車輛，以及乘搭穿梭巴士（只限在落馬洲）、旅遊巴士或私家車往來內地與香港的乘客辦理出入境檢查手續。
落馬洲管制站
自深圳灣管制站於二零零七年七月一日開始運作後，落馬洲管制站的繁忙交通得以略為紓緩。在二零一一年，經落馬洲管制站跨境的車輛共有970 萬架次，當中的跨境私家車有384 萬架次，較二零一零年度上升3.9%。此外，經落馬洲管制站出入境的旅客人數達3 137 萬人次，當中訪客錄得891 萬人次，佔旅客人數的28.4％。在二零一一年，約99%的旅客能在30 分鐘內辦妥出入境檢查手續。
落馬洲管制站24小時旅客通關
落馬洲管制站由二零零三年一月二十七日起實施24小時旅客通關。二零一一年，在通宵時段內（由午夜至翌日早上六時三十分）過關的旅客每日平均有13 900人次，而在周末或公眾假期，平均流量則超過16 800人次。
落馬洲管制站客運大樓於二零一一年十一月進行改善工程，工程包括加設e-道，由現時的20 條增加至33 條，並改善客運大樓內各相關部門的設施，整項工程預計於二零一三年分階段完成。
文錦渡管制站
 文錦渡管制站由於深圳文錦渡口岸旅檢區域於二零一零年二月二十二日起因開展改建工程而關閉，文錦渡管制站的出入境旅客檢查服務亦相應暫停，但管制站仍然維持對貨車及跨境學童的通關服務。因應市民的需要，來往上水及文錦渡口岸的過境巴士由二零一零年三月二十七日開始，在每天上午七時至九時和下午六時至八時期間提供有限度服務。二零一一年，經文錦渡管制站出入境的旅客人數有17萬人次，較二零一零年減少約66%。二零一一年，所有經文錦渡管制站出入境的旅客均能在30分鐘內辦妥出入境檢查手續。
文錦渡管制站客運大樓的改善工程已於二零一一年年初開始動工。工程在二零一二年完成後，e-道的數目將會由原來的9條增至18條。
沙頭角管制站
 沙頭角管制站沙頭角管制站每天由上午七時至晚上十時開放，為跨境車輛及旅客提供出入境檢查服務。旅客主要乘坐跨境旅遊巴士、出租汽車或私家車穿梭內地與香港。二零一一年，經沙頭角管制站出入境的旅客人數達310萬人次，較二零一零年增加約8%。二零一一年，所有旅客均能在30分鐘內辦妥出入境檢查手續。
沙頭角管制站於二零零九年七月一日開始將晚上的通關時間延長兩小時，延長後的服務時間為早上七時至晚上十時。新安排為使用該管制站的旅客及貨運車輛帶來更大的方便。
沙頭角管制站於二零零九年八月起開始試行跨境學童免落地過關檢查計劃，現時每天共有七班旅遊巴士接載北區兩間幼稚園的跨境學童往返深圳與新界北區。二零一一年，每日平均有242人次使用此項服務。
深圳灣管制站
 深圳灣管制站深圳灣管制站是首個採用「一地兩檢」運作模式的邊境管制站，為往來內地與香港的旅客和車輛提供出入境檢查服務。
在此運作模式下，乘坐跨境巴士的旅客只需上落車輛一次，便可在同一旅檢大樓內辦理香港及深圳兩地的出境及入境檢查手續，大大節省過關時間。此外，每個車輛檢查亭內的入境處與海關工作室皆為相連間隔，可為跨境車輛提供一站式清關服務。
管制站開放時間為上午六時三十分至晚上十二時。現時已有多條穿梭內地與香港的跨境巴士線投入服務。香港深圳灣口岸的公共交通轉換站亦為旅客提供了多種公共交通服務，包括市區或新界的士、專利巴士和專利小巴。
經深圳灣管制站出入境的旅客人數持續增加，由二零一零年的平均每日58 600人次增加至二零一一年的68 600人次，增幅接近17%。
二零一一年，平均每日車輛交通流量為9 500架次，較二零一零年的8 800架次增加8.4%。其中66%為私家車輛，26%為貨車，其餘為旅遊巴士。
交通流量數字顯示，深圳灣管制站已漸受旅客歡迎，在分流其他陸路邊境管制站交通上擔當了重要角色。二零一一年，超過98%的旅客能在30分鐘內辦妥出入境檢查手續。
港口管制科
港口管制科負責為經港口進出香港的人士提供出入境檢查服務。港口管制科轄下共設有四個管制組，分別為港口管制組、港澳客輪碼頭管制組、中國客運碼頭管制組及屯門客運碼頭管制組。
港口管制組
 入境處工作船港口管制組的其中一項職責，是在兩個指定的入境船隻碇泊處，即東面檢疫及入境船隻碇泊處和西面檢疫及入境船隻碇泊處，為進出香港船隻上的人士辦理出入境檢查手續。二零一一年，港口管制組共為182 291艘進出香港船隻上的人士辦理出入境檢查手續，較二零一零年增加0.2%。
此外，港口管制組亦負責處理船員的遣返、緊急登岸、棄職及偷渡等事宜。為了加強對船隻抵港後的檢查，港口管制組屬下的船隻搜查小組會定期搜查及突擊檢查在香港水域的船隻，確保所有抵港船隻均符合入境規定。
  船隻搜查小組經常在本港水域突擊檢查船隻，以打擊非法入境活動。船隻搜查小組由四支行動小隊及一支情報及支援小隊組成。行動小隊負責在香港水域搜查及突擊檢查船隻，以便偵查規避出入境檢查、偽造證件、非法入境及逾期逗留等個案，以加強海上出入境管制及打擊非法入境活動。情報及支援小隊則負責收集及分析有關資料和情報。
預辦入境檢查計劃
為促進貨運及物流業的業務，港口管制科已推行預辦入境檢查（預檢）計劃多年。在這計劃下，事先獲批准的船隻可直接駛往停泊處或碼頭起卸貨物，而無須在入境船隻碇泊處等候辦理入境檢查手續。二零一一年，共有25 891艘遠洋船隻及54 295艘內地內河及沿海貨船獲准按預檢計劃進入香港。
這項安排大大節省船隻的經營成本及時間，並有助加強和提升香港作為國際及區域首選運輸和物流樞紐的地位。
港澳客輪碼頭管制組
二零一一年，經港澳客輪碼頭往來澳門及廣東省鄰近口岸的旅客總數達1 790萬人次，較二零一零年增加大約3.2%。港澳客輪碼頭是所有港口管制站中最繁忙的口岸，旅客中大部分是香港居民，出入境人次約有1 160萬，佔整體流量的65%，而訪港旅客的比率於近年亦逐漸增加。碼頭為24小時運作，每天約有300班客輪往返香港與澳門或內地。另外，每天亦有約50班直升機提供往返香港與澳門的服務。
港澳客輪碼頭管制站現設有46條e-道，其中8條可供澳門永久性居民使用。
 港澳客輪碼頭
 港澳客輪碼頭管制站現設有8條e-道可供澳門永久性居民使用。中國客運碼頭管制組
中國客運碼頭管制組負責為在中國客運碼頭乘坐客輪往返香港與內地或澳門的旅客提供出入境檢查服務。此外，該組亦派員往海運大廈，為碇泊該處以香港為母港的郵輪旅客提供出入境檢查服務。
二零一一年，中國客運碼頭每日平均處理約129班往返香港與澳門及內地的客輪。同年，中國客運碼頭處理的旅客達842萬人次，當中包括66萬人次的郵輪旅客，較二零一零年上升6.3％。旅客當中，45.7％是訪港旅客。
中國客運碼頭現設有22條e-道，讓旅客以自助形式辦理出入境檢查手續。
屯門客運碼頭管制組
 屯門客運碼頭屯門客運碼頭管制組轄下的屯門客運碼頭管制分組負責在屯門客運碼頭為旅客提供出入境檢查服務，而內河碼頭管制分組則為內地內河及沿海貨船提供出入境檢查服務。
屯門客運碼頭的營運公司獲得有關當局批准，於二零一一年四月十五日開始營辦往返香港與澳門的航線。二零一一年，經屯門客運碼頭出入境的旅客共有255 006人次，當中95%為香港居民。年內，全部旅客均能在30分鐘內辦妥出入境檢查手續。
自二零一一年七月六日起，出境及入境大堂各開放三條e-道給已登記的澳門永久性居民使用。
內河碼頭管制分組負責在入境船隻屯門碇泊處為內地內河及沿海貨船提供24小時出入境檢查服務，以紓緩馬灣海峽的繁忙情況及促進貿易活動。二零一一年，每日平均有90艘內河船在該碇泊處辦理出入境檢查手續。此外，內河碼頭管制組亦負責處理船員的遣返、緊急登岸、棄職及偷渡等事宜。
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