一月

香港及澳門居民就遺失入境證件辦理離境手續的優化安排於二零一六年一月十一日實施。實施優化安排後，兩地居民辦理報失旅行證件及相關出境手續已進一步簡化，處理時間亦已縮短。

自二零一六年一月二十七日起，香港特區護照持有人可免簽證前往聖巴泰勒米島和聖馬丁島（法國海外領地）旅遊，在任何180天的期間內最長可逗留90天。

屯門客運碼頭於二零一六年一月二十八日起恢復往來香港與澳門或內地的跨境客運渡輪服務。為配合有關安排，屯門客運碼頭管制站自同日起恢復為旅客辦理出入境檢查服務。

二月

二零一六年二月及五月，分別有兩名及一名內地孕婦承認與香港居民假結婚，從而取得「預約分娩服務確認書」在港分娩。個案中共有七名涉案人士被捕，他們均被控串謀欺詐罪名，其中六人更被加控串謀以欺騙手段取得服務的罪名，分別被判監禁10至14個月。

三月

本處於二零一六年三月十五日在入境事務處長官會所舉行領事官員酒會，加強彼此的聯繫。

本處的機場管制科在英國專業航空運輸研究機構Skytrax的年度旅客意見調查中，連續兩年榮獲「Skytrax全球最佳機場出入境服務」大獎。

本處、香港警方和廣東省公安邊防總隊展開一項代號為「峻嶺」的聯合行動，瓦解了一個專門安排非華裔人士偷渡來港的跨境犯罪集團，在粵港兩地共拘捕了114名涉案人士，包括24名集團骨幹成員。

四月

由二零一六年四月六日開始，香港特區護照持有人在抵達科摩羅時，可獲簽發逗留期45天的旅遊簽證。另外，香港特區護照持有人在抵達毛里塔尼亞的努瓦克肖特國際機場或努瓦迪布陸路邊境站時，可獲簽發旅遊簽證，逗留期限將於旅客抵達當地時由當地有關機關決定。

自二零一六年四月十一日起，本處於入境事務大樓增設訪港旅客e-道登記處，以進一步方便合資格旅客在留港期間登記使用e-道服務。

五月

由本處及警務處人員組成的代表團於二零一六年五月十七日出訪越南。是次訪問旨在向越南當局反映香港在打擊非法勞工及人口販運方面的嚴格執法及法例條文，以及介紹實施統一審核機制的相關情況。此外，代表團亦就執法方面的情報搜集和聯絡事宜與越南當局商討合作。

《2016年入境（未獲授權進境者）（修訂）令》（《修訂令》）於二零一六年五月二十日生效。《修訂令》修訂了《入境條例》（香港法例第115章）下有關「未獲授權進境者」的定義，除保留越南外，亦加入巴基斯坦、孟加拉、印度、尼泊爾、斯里蘭卡、索馬里、阿富汗及尼日利亞八個非華裔非法入境者的主要來源國家，使絕大部分非華裔非法入境者成為「未獲授權進境者」，藉以加重偷運人蛇的刑罰，大幅提高阻嚇作用。

六月

在機場管理局舉辦的二零一六年香港國際機場優質顧客服務計劃中，本處的機場管制科獲頒「最佳顧客服務躍進大獎」，而機場管制站有29位前線同事亦同時獲頒「企業團隊卓越獎」嘉許狀。

自二零一六年六月二十日起，香港特區電子護照持有人可無須預先登記，免費使用澳洲的自助出入境檢查服務，而澳洲護照持有人亦可免費登記使用香港的e-道服務。

本處於二零一六年六月二十日成立身份證部和遣送審理及訴訟部。身份證部負責開發「新一代智能身份證系統」和推行全港市民換領身份證計劃。遣送審理及訴訟部負責審理免遣返聲請和處理與免遣返聲請及執法有關的上訴╱呈請及訴訟個案，並就全面檢討處理免遣返聲請的策略提供支援。

本處、香港警方和廣東省公安邊防總隊展開一項代號為「絕策」的聯合行動，瓦解了一個專門安排越南籍人蛇偷渡來港的跨境犯罪集團，中港兩地共拘捕了51名涉案人士，包括17名集團骨幹成員。

七月

二零一六年七月十三日至三十日，本處與外交部駐香港特別行政區特派員公署在入境事務大樓舉行「涉港領事保護圖片展」，藉以加深市民對涉港領事保護及「協助在外香港居民小組」工作的了解，從而提升市民出外旅遊時的安全意識。

為慶祝部門成立55周年，本處於二零一六年七月三十一日在入境事務學院舉行開放日，並於二零一六年八至九月期間在入境事務大樓舉行「入境處歷史及發展圖片展」。

八月

自二零一六年八月二十二日起，香港與韓國簡化「互相使用自助出入境檢查服務」的登記程序。香港特區電子護照持有人無須預先登記，便可於韓國直接登記使用有關服務，而韓國護照持有人亦無須預先登記，便可於香港直接登記使用香港的e-道服務。

為進一步方便市民，自二零一六年八月二十六日起，市民可透過互聯網遞交無結婚紀錄證明書的申請。

本處、香港警方和廣東省公安邊防總隊展開兩項代號分別為「銀盾」及「滿弓」的聯合行動，瓦解了兩個活躍於中港兩地專門偷運越南籍及南亞裔人蛇來港的犯罪集團，行動中共拘捕了99名涉案人士，包括46名集團骨幹成員。

由本處人員組成的代表團於二零一六年八月二十八日出訪巴基斯坦及孟加拉兩國。是次訪問旨在向有關當局介紹香港在打擊非法勞工及人口販運方面的嚴格法例條文和實施統一審核機制的目的。此外，代表團亦就執法方面的情報搜集和聯絡事宜與上述兩國有關部門商討合作。

九月

本處於二零一六年九月在全港各區展開一連串代號為「冠軍」、「曙光」及「風沙」的反非法勞工行動。本處亦於同年三月、四月及十一月進行類似的反非法勞工行動。行動中共拘捕了334名涉案人士，包括250名非法勞工及57名涉嫌聘用非法勞工的本地僱主。

十月

香港特區政府駐上海經濟貿易辦事處入境事務組於二零一六年十月二十五日投入運作。其主要職能是為身處上海市以及浙江、江蘇、安徽和山東省的遇事港人提供協助。

自二零一六年十月二十八日起，香港特區護照持有人在抵達馬達加斯加時，可獲簽發逗留期不超過90天的旅遊簽證。

十一月

為提供進一步便利，自二零一六年十一月七日起，身在內地的香港居民可透過駐北京辦事處、駐上海經濟貿易辦事處、駐成都經濟貿易辦事處及駐粵經濟貿易辦事處的入境事務組遞交換領香港特區護照的申請，並在有關辦事處領取新護照。

十二月

本處於二零一六年十二月九日舉行結業會操。連同同年四月一日的結業會操，二零一六年共有78位入境事務主任及205位入境事務助理員結業，成為本處的年輕生力軍。

自二零一六年十二月十二日起，本處與澳門進一步擴展互相使用自助出入境檢查服務至持有《香港特別行政區簽證身份書》的香港非永久性居民及持有《澳門居民往來香港特別行政區旅遊證》的澳門非永久性居民。兩地合資格的人士於登記後，可使用對方的自助出入境檢查服務辦理出入境手續。

本處於二零一六年十二月宣布自二零一七年一月二十三日起實施「印度國民預辦入境登記」措施，印度國民若非獲豁免類別人士，必須預先於網上申請並辦妥預辦入境登記，才可免簽證來港旅遊。